这些过去的受压迫者尤其憎恨唐朝官吏，“得者皆杀之”。唐宰相豆卢、崔沆以及左仆射于琮、右仆射刘邺、太子少师裴谂、御史中丞赵、刑部侍郎李、京兆尹李汤由于来不及跟从唐僖宗出逃，留在长安，躲藏在民间，被黄巢军搜获，全部被杀死。唐广德公主也在其中，她说：“我是唐帝室之女，誓与于仆射同死!”抓住行刑队的刀不放手，被黄巢军一并杀死。黄巢军又发掘卢携的坟墓，将他的尸体放于街市砍杀。唐左金吾大将军张直方虽然投降于黄巢，也被黄巢处死。义军还疯狂抢掠豪族财产，曰之为“淘物”，并勒令富室之人不准穿鞋，一律赤足行走，黄巢还下令严惩李唐皇族成员，唐皇族留居长安者几无遗类，全被杀光。

　　看到义军的所作所为，有人在长安尚书省都堂官府大门上涂写诗句，嘲弄黄巢军，大将尚让见后勃然大怒，将当时在尚书省的官员和守门的士兵，全部挖去眼睛，头足倒悬挂于门前；又于长安城中大肆搜索能写诗的人，抓到的全部杀死，凡认识字的人均罚作贱役，所杀总计有三千余人。

　　由于黄巢军队的这些暴行，在唐军第一次反攻长安时，“坊市民喜，争欢呼出迎官军，或以瓦砾击贼，或拾箭以供官军。”黄巢很快退走。但唐军进城后，也像盗贼一样趁火打劫，“入第舍，掠金帛、妓妾”，于是黄巢趁机反攻，第二次攻陷了长安。进城之后，黄巢对长安居民帮助官军感到极为愤怒，于是纵兵进行屠杀，长安城血流成河，称之为“洗城”。

　　就在黄巢报复长安居民之时，唐军再次反攻，将长安团团围困。平民百姓为避战乱都逃入深山，修筑栅栏进行自卫，以致农事全都荒毁，长安城中一斗米值三十缗钱。黄巢部下只好卖人给官军以获取粮食，有的官军也收捕山寨贫民来卖钱，每人值数百缗钱，双方进行交易时竟“以肥瘠论价”。

　　最后，当唐军第二次攻入长安，黄巢见事不可为，于是恼羞成怒的他在离开前为这个城市做了最后一件事，“焚宫室遁去”，偌大的长安城，一时火光滔天，支离破碎，只有残垣断壁还保留有昔日雄伟的影子。从此，长安再也不是帝国的都城了。宋朝开国皇帝赵匡胤在选择京师的时候，西望长安，也不得不深深叹息：这个盛名超过了历史上任何政治中心的城市，在历经了千万杀戮后，再也没有成为京都的可能。

　　食百姓

　　退出了长安的黄巢，上演了最后的疯狂。

　　黄巢派骁将孟楷进攻陈州，哪知陈州刺史赵犨早有准备，乘孟楷不备之时，派精兵全力出击。孟楷猝不及防，所率的一万人马竟然全军覆没，孟楷本人也被俘杀死。孟楷是黄巢的爱将，颇得黄巢欢心。黄巢听说孟楷战死后，怒火中烧，立即集中所有的兵力，猛烈攻打陈州，“掘堑五重，百道攻之”，誓为孟楷报仇。这一围，就是三百余日。

　　在围攻陈州的过程中，黄巢制造了人类历史上最血腥、最兽性的一幕。《旧唐书》记载，“贼围陈郡三百日，关东仍岁无耕，人饿倚墙壁间，贼俘人而食，日杀数千。贼有舂磨砦，为巨碓数百，生纳人于白碎之，合骨而食，其流毒若是。”于是，我们眼前就出现了这样悲惨的一幕：由于缺粮，数百巨碓同时开工，成为供应军粮的人肉作坊，流水作业，日夜不辍，活生生的大批乡民，无论男女，不分老幼，悉数被纳入巨舂，顷刻磨成肉糜。陈州四周的老百姓吃光了，为了扩大原料供应来源，黄巢“纵兵四掠，自河南、许、汝、唐、邓、孟、郑、汴、曹，徐、兖等数十州，成被其毒。”这种“敲骨吸髓”食人方式之野蛮、残酷、恐怖和骇人听闻，在整个人类历史上都罕见。

　　这时的黄巢已经是魔鬼、是畜牲。像黄巢以人肉为军粮的恶行，绝非一般意义的战场上的较量，而是灭绝人性的屠杀。而以令人发指的程度来看，无论是黄巢以前的朱粲(隋末割据军阀)，用二百石铜钟煮人肉，还是黄巢以后的秦宗权(黄巢部将)，腌制人尸作为军粮，都比不上黄巢的残暴和变态。

　　若要灭亡，必先疯狂。面对团团围住自己的唐军，已经疯狂到极点的黄巢，离覆没不远了。

　　中和四年(884年)五月，突然连续下起大雨，平地水深三尺，河水暴涨，四处流溢，黄巢所筑的营垒被洪水冲垮。黄巢见大势已去，只好舍弃了围困三百天的陈州。之后短短一个月中，黄巢的军队便被唐军打垮了。六月十五日，朱温和李克用追至山东瑕丘，黄巢与唐军“殊死战，其众殆尽”，落得个全军覆没的下场。

　　从此，黄巢就告别了中国的历史舞台。